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元代以來，雨花石收藏開始進入高潮。元翰林侍讀學士郝經賞石明志，是繼蘇軾之後又一位品石大家。他寫的《江石子記》，借石敘懷，敘述了自己扣留期間複雜而沉痛的心情，使雨花石成為自己情感的依託。

王蒙繪製雨花石圖，可見雨花石最遲在元代已經入畫了。自此以後，為雨花石繪圖以傳者代不乏人。林有麟《素園石譜》記有三十五幀，吳萬仲為米萬鐘繪《雨花石圖》，米萬鐘《絹本畫石長卷每石後輒有題讚》（現藏北京大學圖書館）等等。

元末明初，藏石之風盛起，直至明清兩代，出現了一批藏石家，朱孟辦、林有麟、成性、程克全、米萬鐘、陳貞慧、諸九鼎、蓮生等人，均是雨花石收藏、鑒賞的著名人物，他們的出現，標誌著雨花石收藏又進入新的高峰，並且許多專著及文章等亦同時出現。

隨著雨花石作為商品的出現，明代從產地到流通因顧客之需求，形成了一系列流動的環節，並且帶動了其他服務待業的發展。

清人雨花石出售亦十分繁盛，《清稗類鈔》多有記錄。孫文靖、劉坤一、端方、趙爾豐等清庭重臣極喜雨花石，雨花石影響已逐漸開始由江蘇而至於全國，民國以後形成雨花石收藏的又一高潮。

民國以來，雨花石收藏越來越熱之勢，周恩來、徐悲鴻、老舍、沈鈞儒、梅蘭芳等許多政界、文藝界名人幾乎都喜歡雨花石。畫家陸儼少於抗戰期間，逗留重慶近七年之久，留連江邊，多次淘汰，共得石七枚，翠竹蘭草、梧桐仕女、平沙落雁、秋林夕照、梅雀寒林等，他借此消遣，從中領悟畫理。

民國以來最值得稱道的雨花石收藏家當為許問石、張輪遠和王猩酋。三人被稱為“南許北張天津王”。

許問石一生積60年心血收聚雨花石，藏雨花石精品達六百餘件，其中多罕見的精品，如《陶淵明賞菊圖》、全本《西廂記》、《墨菊》、《觀音》、《耋耄圖》、《梅》、《蘭》、《竹》、《菊》等等